屏東縣政府環保局與各鄉鎮市公所清潔隊自3月26日成立的防疫消毒大隊，每日在各公共場所、交通場地及所有Pbike據點等場域均全面持續展開消毒工作，至（4月23日）全縣共消毒2347場次，包括交通場站(火車、公車、計程車招呼站、Pbike)103處，Pbike各據點全部已消毒完成，大型營業場所(百貨賣場、電影院、健身房及其他營業場所)202處，人潮聚集民生熱點(超市、市場、商圈)669處，學校、民眾洽公機關715處，其他(公園等)658處，針對敦睦艦隊確診案例於屏東縣所經過的足跡場域及街道已全面消毒，做到防疫工作滴水不漏。
縣政府也與各公廁管理等單位合力防疫，對於民眾出入頻繁的公共廁所環境由公廁管理等單位加強消毒及清潔工作，包括交通場站、觀光景點、公園等人潮使用眾多地點之公廁，以噴灑或擦拭次氯酸鈉消毒劑方式進行消毒並增加清潔頻率，提供民眾安心場域。