前總統李登輝7月30日病逝後確定將緊急火化，後續治喪工作由總統府組成工作小組協助家屬處理。總統府11日指出，因尊重李前總統的生前宗教信仰及家屬意願，本週五（14日）於台灣基督教長老教會濟南教會進行入殮火化禮拜後，遺體將在台北市立第二殯儀館火化。
總統府表示，期盼各界尊重家屬，因此當日相關細節不會對外公布，且全程不公開，深切盼望各界勿打擾家屬。至於後續治喪事宜，將在工作小組向治喪大員會議報告後對外說明。
前總統李登輝辭世，總統府在8月3日公布32位治喪大員名單，包括副總統賴清德、前副總統連戰、前副總統蕭萬長、五院院長、中國國民黨主席江啟臣、台灣民眾黨主席柯文哲、台積電創辦人張忠謀、前立法院長王金平等人。
總統蔡英文日前指派副總統賴清德、前副總統連戰、前副總統蕭萬長、行政院長蘇貞昌、立法院長游錫堃、司法院長許宗力、考試院長伍錦霖、監察院長陳菊、前立法院長王金平、前司法院長翁岳生、前考試院長許水德、前監察院長錢復、總統府祕書長李大維、前總統府祕書長吳伯雄、前總統府祕書長黃昆輝、國家安全會議祕書長顧立雄、親民黨主席宋楚瑜、彭明敏、辜寬敏、張忠謀、黃崑虎、李遠哲、彭淮南、王文淵、陳博志、國民黨主席江啟臣、民眾黨主席柯文哲、時代力量代理黨主席邱顯智、台聯黨主席劉一德、內政部長徐國勇、外交部長吳釗燮、國防部長嚴德發等32人為治喪大員。
▲前左:台灣基督長老教會總會議長Abus Takisvilainan（阿布絲．打給絲非來南）（圖／中央社翻攝）
有關李登輝前總統的治喪大員會議尚未正式召開，一般認為應會在入殮火化禮拜後舉行。
曾經在20年前自稱卸任總統後會擔任傳教士的李登輝，由於一再發生爭議性言行，包括自稱是日本人，以及支持日本政府對釣魚台主權主張的叛國言行，所以他的歷史地位已經發生極大爭議，這名曾經是日本帝國少尉軍官(服役於日本帝國防砲部隊)，在第二次世界大戰期間曾在日本名古屋和美軍轟炸機對戰，又曾於臺灣光復後加入中國共產黨，所以他是否適合葬於國軍示範公墓，和上萬名生前有頗高功勳的國軍將領與老兵永眠於國家光榮功勳之地，已經造成很大爭議。
李登輝悄悄火化後遺體何時下葬五指山國軍公墓，目前總統府仍未敢定案，而如果他的家屬堅持要葬於國軍公墓，總統府是否會調派重兵駐守護衛李登輝的陵墓，目前也已經成為民進黨內部爭辯的一大麻煩。